Questo antichissimo borgo fu abitato fin dal 3000 a.C, ne è testimonianza un insediamento capannicolo, con annessa necropli rinvenuto in località Madonna delle Grazie.
In cui, sono presenti tombe a forno scavate nel tufo, in cui erano presenti oggetti funerari, la dominazione dei Sanniti-Irpini dal 300 a.C. portò alla nascita della città di Aeclanum, nell'attuale zona in cui vi è il cosidetto Passo di Mirabella.
La città cadde in mano ai Romani intorno al 89 a.C., quindi divenne uno dei centri più importanti in Irpinia, grazie all'attraversamento della Via Appia divenne fondamentale centro commerciale.
In epoca longobarda fu annessa al Ducato Longobardo di Benevento, il suo sviluppo economico si fermo nel 662 d.C, quando fu distrutta e saccheggiata dai Bizantini, che vennero a combattere con i Longobardi.
Successivamente fu ricostruita col nome Quintodecimo, perchè era a qundici miglia romane da Benevento, in seguito delle devastazione dei Saraceni fu abbandonata dai Romani, venne riedificata dai Normanni con nome di Acquaputida, nel 1340 cambiò di nuovo nome nell'attuale Mirabella a cui nel 1862 fu aggiunta Eclano.
L'ultimo feudatario ad averla fu Filippo Orsini, duca di Gravina che lo tenne fino all'abolizione dei diritti feudali nel 1806.
Il centro abitato è stato più volte distrutto da diversi terremoti, non ultimo il famoso del 1980.